Seine eigene Ausbildung in den Fächern Gesang, Tanz und Schauspiel absolvierte Werner Bauer in München. Seine Bühnenkarriere begann in der Saison 1991/1992 an den Theatern Zwickau und Chemnitz. Dort spielte er gleich eine Hauptrolle: den „Tony“ in Leonard Bernsteins „Westside Story“. Es folgten der „Riff Raff“ in „The Rocky Horror Show“ in München und Basel, der „Jesus“ in „Jesus Christ Superstar“ in Basel und Meiningen sowie die Rolle des „Claude“ in „Hair“ am Theater Neu-Ulm.

Bis Mitte der 90er war er in zahlreichen Inszenierungen großer Musical-Erfolge zu sehen, darunter „Grease“, „Linie 1“ und „Der kleine Horrorladen“. 1997 gab er in der Deutschland-Premiere von „Disney’s Die Schöne und das Biest“ in Stuttgart den „Lefou“, bevor es ihn 1999 nach Wien ans legendäre Raimund Theater zog. Unter der Regie von Oscar-Preisträger Roman Polanski verkörperte er den „Professor Abronsius“ in „Roman Polanski’s Tanz der Vampire“. Diese Rolle übernahm er auch ein Jahr später bei der Deutschlandpremiere des Stückes in der Musical Hall Stuttgart. 2004 und 2005 stand er in Berlin als „Harry“ in der deutschen Erstaufführung von „Harry und Sally“ auf der Bühne des Hansa Theaters. 2007 begeisterte er das Publikum im Füssener Festspielhaus Neuschwanstein als „Mr. Thenardier“ in „Les Misérables“.

Neben seiner Tätigkeit auf der Bühne führt Werner Bauer seit einigen Jahren auch Regie. So inszenierte er 2006 in München am Akademietheater im Prinzregententheater „Ein Stück vom Mond“ von Paul Brown und am Nordrhein-Westfälischen Landestheater in Dinslaken den Klassiker „Die spanische Fliege“ von Franz Arnold und Ernst Bach. Im Berliner Theater Tribüne machte er mit Paul Browns „Das Newsical“ von sich reden, einer Reihe von Kurzmusicals, die auf aktuellen Zeitungsmeldungen basieren.

Als Komponist kreierte Werner Bauer u.a. „Othello, die Rockoper“ und das Musical „Close Shot Casablanca“. Darüber hinaus ist seine Stimme auf den CD-Veröffentlichungen von „Disney’s Die Schöne und das Biest“ und „Die 13½ Leben des Käpt’n Blaubär“ zu hören. 2007 erschien das Solo-Album „Pleasure Of Doing Nothing“.

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